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文献名称:鳞状上皮细胞癌抗原2与组蛋白G的柔性对接研究
    前言:蛋白质与蛋白质间的相互作用在生物体内具有极其重要的意义 .确定蛋白质间的相互作用的机制对生物调节和药物设计都是关键的步骤 .近年来 ,随着计算机和软件技术的发展 ,使建立蛋白质 -蛋白质复合模型成为可能 ,为研究蛋白质间的相互作用提供了直观和比较准确的参考 .目前的蛋白质 -蛋白质对接软件将对接的两个蛋白质看成刚性 ,并不考虑蛋白质对接时的柔性 ,即没有考虑由于界面氨基酸间的相互作用而导致的界面结构的变化 .本文在直接的蛋白质 -蛋白质刚性对接的基础上 ,应用动力学模拟的方法 ,对刚性对接的结构进行蛋白质界面的构象搜索 ,此结果在一定程度上考虑了界面氨基酸间的相互作用 ,使得到的复合物结构更接近真实状态 .1 计算方法应用 FTDOCK程序 ,将鳞状上皮细胞抗原 2 (SCCA2 )与组蛋白 G(Cat G)进行直接刚性对接[1,2 ] ,对接参数均使用默认参数 ,在近 1 0 0 0 0个结构中 ,使用距离约束条件进行筛选 :I∶ Leu354 -A∶Ser195,I∶Ser355-A∶Ser195,I∶Leu354 -A∶His57,I∶Ser355-A∶His57(约束距离为 0 ....
    The most softwares for protein-protein docking are regarded as two proteins being rigid, and take no account of the flexibility of proteins, which causes conformation variety of the interface because of interaction of the interface amino acids. On the premise of the rigidity of protein-protein docking, by the method of molecular dynamic simulation, we search the protein-protein interface conformations of the complexes which grounded on the rigid docking. Since the interaction of the amino acid was taken int...
文献名称 鳞状上皮细胞癌抗原2与组蛋白G的柔性对接研究
Article Name
英文(英语)翻译
Flexible Docking of Squamous Cell Carcinoma Antigen 2 and Cathepsin-G;
作者 高雪峰; 黄旭日; 孙延波;
Author GAO Xue-Feng;HUANG Xu-Ri *;SUN Yan-Bo (State Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry;Institute of Theoretical Chemistry;Jilin University;Changchun 130023;China);
作者单位
Author Agencies
吉林大学理论化学研究所; 理论化学计算国家重点实验室; 理论化学计算国家重点实验室 长春;
文献出处
Article From
中国科学院上海冶金研究所; 材料物理与化学(专业) 博士论文 2000年度
关键词 对接; 柔性; 动力学模拟; FTDOCK;
Keywords Docking;Flexibility;Dynamic simulation;FTDOCK;
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